Hace tiempo me paso este mismo problema, los tildes ni las eñes se mostraban bien en Eterm (ni en Aterm, mlterm, etc). Como nunca apunto las cosas tuve que volver a buscarlo.
#localedef -f ISO-8859-1 -i es_ES es_ES.ISO-8859-1
$LC_ALL=es_ES.ISO-8859-1 Eterm
